Les fonctions d’encadrement des élèves sont dévolues aux ingénieurs de la marine française et à des corps d’ouvriers d’État. Ces ateliers « provisoires » sont destinés à entretenir les navires marchands et à former un noyau d’ouvriers. L’espace productif permet d’effectuer sur le site des réparations comme des constructions de navires et de maintenir une activité constante. La création d’une infrastructure industrielle sur un site aussi humide et argileux nécessitait un aménagement drastique du terrain et un financement important. Les Français devront fournir des comptes à l’administration japonaise qui les analysera, et après que l’arsenal aura été confié au ministère de la Marine en 1872, le contrôle du financement se trouvera au centre des dispositions mises en œuvre pour se passer des Français. Le ministère japonais de l’Industrie, fondé en 1870, prit en effet aussitôt la décision d’envoyer des élèves ingénieurs en formation à l’étranger pour des périodes allant de un an à dix-huit mois. La mission, constituée d’une quarantaine de membres, est dirigée par un jeune ingénieur du génie maritime, âgé de 28 ans, Léonce Verny (1837-1908), détaché hors cadre et mis à la disposition du ministère des Affaires étrangères. Par ailleurs, les Japonais mettront en place une organisation du personnel qui leur permettra de contrôler le marché du travail, en particulier celui des « techniciens » et des ouvriers qualifiés.

Les forces d’autodéfense japonaises utilisent également les équipements les plus anciens du chantier naval, en particulier les bassins construits avec les Français. Pour entretenir le travail permanent, il est nécessaire d’adjoindre à ces bassins deux ou trois cales où on construirait à temps perdu ou suivant les besoins ». André Zysberg, Marseille au temps des galères : 1660-1748, Marseille, édition Rivages, 1983, 115 p. Le temps que les ingénieurs français pourront leur consacrer est limité : ils les feront travailler « autant que les travaux le permettront ». L’importance de ces travaux légitimait enfin les quatre années considérées comme nécessaires à leur réalisation. Entre 1865, l’année où la création de l’arsenal est décidée, et 1869, l’année prévue de la fin des travaux d’installation et de l’expiration des contrats des conseillers français, se produit en 1868, la restauration de Meiji qui met fin au shogunat Tokugawa et marque la naissance de l’empire du Japon. À la suite du changement de régime en 1868, les élèves sélectionnés par le shogunat sont d’abord congédiés, mais à partir de 1869, les nouvelles permettent la poursuite de réformes qui mèneront à l’ouverture de la première et, pendant quatorze années, de la seule école d’ingénieurs de la marine du pays.

L’idée est de financer le projet par de la soie échangée contre des biens manufacturés français, ce que le manque d’investisseurs en France n’autorisera finalement pas. Le programme en question comprend l’enseignement du français, de techniques de construction navale et de construction de machines. Quatre « chantiers » (lieux de réparation et de construction des navires) et neuf immeubles abritant des ateliers sont déjà en place : deux cales de construction et une de halage, le premier bassin de radoub, une dizaine d’habitations abritant les logements des ingénieurs, du médecin et des ouvriers français, et neuf bâtiments regroupant des bureaux et des ateliers : la corderie, les locaux du travail du bois (étuve, scierie, poulierie, construction de embarcations), les petites forges et les forges d’armement, la chaudronnerie divisée en quatre espaces. D’abord baptisé « sidérurgie de Yokosuka » (Yokosuka seitetsu-jo) en 1865, cet établissement, devenu chantier de la marine japonaise en 1872, est rebaptisé « arsenal de Yokosuka » (Yokosuka Kaigun Kōshō) en 1889. Il est destiné à produire des navires de guerre et de l’équipement moderne et de style occidental pour la marine du shogunat d’abord, puis impérial ensuite. La mise en place d’une administration du travail semblable à celle qui était en vigueur dans les arsenaux français supposait la reproduction à Yokosuka du modèle de la métropole.

Les Japonais ne contredisent pas le bien-fondé d’une organisation semblable à celle des arsenaux français. Lors de sa conférence de presse, il déclare en français : « Je suis fier d’être Nissart » ! Après avoir été sur le point d’être rompues, celles-ci se poursuivent malgré tout car le gouvernement japonais décide de maintenir le projet de l’arsenal déjà bien engagé, mais les Japonais prennent progressivement le contrôle des opérations et affirment leurs prérogatives dans la construction de l’arsenal, maillot fort aux dépens des Français. Il choisit de compléter leur scolarité – c’est le cas pour ceux qui ont été formés par les Français à l’arsenal et maîtrisent la langue – par un séjour en France. On comprend dès lors que les Japonais aient été soucieux de contrôler ces dépenses soumises par les Français aux Japonais puisqu’ils devront les rembourser pour être maîtres de l’arsenal. Pour commencer, « il est à désirer qu’on puisse installer sur le champ cet outillage que possède actuellement le gouvernement du Taïkoun » à Yokohama, dans des ateliers qui devraient être dirigés par un Français. L’arsenal ne saurait être une installation provisoire.

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